今の制度でも、退職後傷病手当をもらい続けることは可能です

条件付きで、ですが。
時系列で私の経験を含めつつ語るつもりでしたが、いろんなサイトを見ていると、退職したらもらえないと嘆かれている方もいらっしゃるようなので、ちょっとお得情報(？)を。

発端は↓この改正ですよね。
http://www.sia.go.jp/topics/2006/n1004.html#19year
2007年4月から
●任意継続被保険者の給付の一部が廃止されます。＜健康保険＞
　　任意継続被保険者に対する傷病手当金、出産手当金の支給が廃止されます。

私もこれを読んで退職を迷ったのですが(まあ迷ったって会社に拒否されればやめざるを得なかったのですが)、これは、退職後に初めて就労不可能な状態に陥ったとき、任意継続保険としては傷病手当金を支給されなくなります、ということです。
もともと任意継続保険とは別に、資格喪失後継続給付(http://www.sia.go.jp/seido/iryo/kyufu/kyufu11.htm)というのがありまして、こちらの条件を満たしていれば、これまで通り、傷病手当金は支給されます。
条件は、

1)資格を喪失する日の前日(退職日)までに継続して1年以上被保険者であった
　※同じ保険者でなくとも、たとえば転職していても間があいていなければOK.
2)資格喪失日前日（退職日）の時点で傷病手当金を受給している（もしくは受給資格がある）

つまり、1年以上会社勤めをしていて、退職日までに3日連続休んだことがあり(傷病手当支給の待機期間)、同じ理由で退職日就労不可能な状態であったと証明できれば、傷病手当支給開始日から数えて最長1年6ヶ月、傷病手当金を受けることができます。
これは、退職後任意継続保険に加入しようと、国民健康保険に加入しようと関係ありません。
退職し任意継続被保険者となったのが2007年4月1日以降であろうと、2007年3月31日以前であろうと関係ありません。
詳しくはこちら↓
http://www.sia.go.jp/topics/2006/n1004_1.pdf

ちなみに私は2007年3月1日~4月30日まで、それと7月いっぱい休職し、7月末日で退職しました(私の会社の就業規則で、休職は合計3ヶ月しか認められておらず、その後も欠勤せずに出てこれる見通しが立たなかったため)。
会社員歴3年9ヶ月でした。
私の傷病手当支給開始日は3/4。待機期間が3/1~3/3。
請求すれば最長で2008年の9/3までもらえるのでしょう。
その前に社会復帰するのが目標ですが。

ということなので、もし1年以上勤めていて、私のように休職可能な期間が限られている人は、思い切って長い休暇をとるのも1つの方法だと思います。
私の会社は辞め方については協力的だったのですが(休職→そのまま退職というわかりやすい形で「就労不可能な状態が継続していること」を証明してくれた)、もし休職というのが難しければ、極端な話退職前に4日連続欠勤してそのまま退職すれば手当は請求できます。
まあ最初の手当請求にはどうしても会社にやってもらわなければならない部分があるので、あまり会社ともめずに退職できればもちろんその方が良いですが。
ちなみに雇用保険に加入していれば、退職後に働けなくなった場合も雇用保険からの傷病手当は受けることができるはず・・・私の書類がなだれを起こしてるので、こちらは未確認ですがでも支給額は社保ほどではなかったと思います。

ただし、ここに書いたことは一般の政府管掌保険の話なので、組合などでは違ってくるのか、細かいところは私も存じ上げません。
各組合にお聞きになった方が確実です。


慣れない説明的文章書いたら疲れますねぇ。
言葉足らずなところも多々あると思いますが、詳細、細かな具体例に対する答えは社会保険事務所ででもお聞きになるのが一番確実と思われます(ただし、2箇所以上に聞くことをお勧めします。申請の可否に関しては同じ答えでしたが、支給額について異なる返答をいただいたことがあるので、念のため・・・)
さー皆さん、もらう資格があるんだったらしっかりもらいましょー。